生物工程专业成立于2006年，主要培养具备工业微生物菌种选育、发酵过程优化与控制、生物药物与诊断试剂产品开发与生产工艺设计、下游产品分离纯化、生物反应器与生物制药工厂车间设计、生物工程设备使用与维护等工艺技术和工程设计的理论与技能的应用型人才。生物工程系现有专兼职教师12人，其中教授3人、副教授3人、讲师5人、博士5人、硕士6人，双师型教师比例91.7%。生物工程系现建有校级精品课《微生物学》，校级优秀课《基因工程》、《细胞生物学》、《微生物工程》，校级校企共建课《微生物工程》，校级在线开放课《细胞生物学》。承担省级教研项目7项，校级教研项目8项。近五年，生物工程系教师共承担省科技厅项目2项，省发改委项目1项，省教育厅项目4项，到位经费69万元，获吉林市自然科学学术成果奖一等奖1项，吉林市科学技术奖二等奖1项。生物工程专业毕业生可在以生物工程为核心的高科技生物公司、生物制药、工业发酵、生物能源以及食品工程、环境工程等企事业单位从事生产、研发、检验、营销、管理等工作。就业单位包括拜耳(北京)有限公司、阿斯利康医药科技(北京)有限公司、通化东宝药业股份有限公司、长春金赛药业股份有限公司、江苏恒瑞医药股份有限公司、北京甘李药业股份有限公司、杭州远大生物制药有限公司、吉林金域医学检验所有限公司等单位。